O Instituto Biomédico da Universidade Federal Fluminense foi criado em 1968, originalmente ocupando as instalações da Faculdade Fluminense de Medicina, na Rua Visconde de Moraes, 101, que foi integrada à Universidade Federal Fluminense em 1961, e posteriormente transferida para o Hospital Universitário Antônio Pedro.
O Instituto Biomédico possui atualmente os departamentos de Fisiologia e Farmacologia, Microbiologia e Parasitologia e o de Morfologia, que oferecem disciplinas para todos os cursos da área de saúde da UFF. Desde sua fundação até o ano de 1983 também integrava a área de biologia, até esta passar a constituir o Instituto de Biologia, situado hoje no campus do Valonguinho.
Desde 2002, o Instituto conta com graduação própria em Biomedicina. Em 2007, passou a oferecer o programa de pós-graduação em Microbiologia e Parasitologia Aplicadas (PPGMPA).
O curso proporciona o contato com diversas iniciativas de pesquisa e extensão, com destaque para os seminários no Centro de Estudos, onde se apresentam pesquisadores de diversas instituições, como a Fiocruz, UERJ, INCA e UFRJ, além da própria UFF.
